No Congresso Nacional de Microbiologia Micro’2003 realizado em Tomar, a Assembleia Geral da SPM conferiu o estatuto de Sócio Honorário, em reconhecimento da sua acção para o desenvolvimento da Microbiologia em Portugal ao:
Em 2011, a Sociedade Portuguesa de Microbiologia instituiu o prémio Professor Nicolau van Uden, um prémio de carreira que se destina a reconhecer o papel de microbiólogos que contribuíram de forma significativa para o desenvolvimento da Microbiologia em Portugal, quer pela sua investigação, orientação e formação de novos microbiólogos. Até à data, os laureados foram:
- Professora Doutora Hermínia de Lencastre (2011)
- Professora Doutora Cecília Leão (2013)
- Professor Doutor Milton da Costa (2015)
- Professor Doutor José Melo Cristino (2017)
- Professora Doutora Helena Santos (2019)
- Professora Doutora Isabel Sá Correia (2021)
Sociedade Portuguesa de Microbiologia 